真菌的分类单位，依次分为界 ，门 ，纲 ，目，科 ，属，种。种是基本单位，种以下还有亚种。真菌分类的主要依据为：有性生殖的各种器官、无性菌丝、孢子和菌落形态特征等。真菌分类系统较多，目前尚未统一，近年来趋向采用安斯沃斯等人的《真菌学词典》所介绍的分类系统。该系统认为真菌属于单独成立的真菌界，界以下分为粘菌门和真菌门，通常所称的真菌即指真菌门菌。真菌门下分为5个亚门：鞭毛菌亚门，接合菌亚门，子囊菌亚门，担子菌亚门和半知菌亚门。而最新的真菌分类把真菌界分为4个门，分别为接合菌门，担子菌门，子囊菌门和壶菌门。