不定期清洁的话是有细菌的。因为虽然微波确实可以杀灭细菌，但通常需要5至10分钟，而一般的食物加热只需两分钟左右甚至几十秒钟，是很难起到杀菌作用。微波炉内的食物残渣若不及时清理，容易产生异味并滋生霉菌、链球菌等。