南京市孤儿院领养小孩流程：

1、领养人符合孤儿院领养小孩的条件、准备好相关证件后即可向领养登记机关申请领养小孩。领养登记机关收到领养登记申请书及有关材料后，自次日起30日内进行审查。对符合领养法规定条件的，为当事人办理领养登记，发给领养证，领养关系自登记之日起成立；对不符合领养法规定条件的，不予登记，并对当事人说明理由；

2、领养查找不到生父母的弃婴、儿童的。领养登记机关在登记前公告查找其生父母；自公告起60 日，弃婴、儿童的生父母或者其他监护人未认领的，视为查找不到生父母的弃婴、儿童。公告期间不计算在登记期限内；

3、知道孤儿院领养小孩的条件以及孤儿完领养小孩的程序后，到当地的民政部门办理领养登记。