1、贷款利率不同。对于申请者而言，最关系的还属贷款利率。公积金的贷款利率比商业贷款利率低，五年以内公积金贷款利率为4.0%，五年以上是4.5%。而商业贷款利率五年以上贷款利率为6.55，不同银行所执行的贷款利率在这个基准利率之上有所浮动。

2、贷款机构主体不同。住房公积金贷款管理主体是住房公积金管理中心，而商业住房贷款管理主体是各商业银行。

3、贷款的资金来源不同。商业住房贷款资金来源是各商业银行的自营资金即吸收的居民或单位存款)，而住房公积金贷款资金来源是职工个人及所在单位缴存的住房公积金。