不同航道局的上属单位不同，可进行如下分类：

天津航道局，上海航道局，广州航道局都是工程公司，都隶属中国交通建设集团。前些年从交通部划出的，先是划入中港集团，后来中港和中国路桥合并为中交。他们是上市企业，资金来源广；长江航道局隶属于中华人民共和国交通运输部 ，是具有行政管理职能的公益性事业单位，主要任务还是以长江航道的维护整治为主，在确保长江航道住航道以及支线航道、专用航道畅通的前提下，开展沿海等港口、航道的工程建设。