云南大学医学院始建于1937年。是云南教育史上第一个设立高等医学学科教育的高等院校。

20世纪50年代，云南大学医学院从云南大学划离，并独立建院为“昆明医学院”。近年来，云南大学确定了“把云南大学办成西部一流、国内先进、国际知名的高水平研究教学型综合大学，综合实力进入全国高校50强”的发展目标。于2011年11月正式恢复重建云南大学医学院。

云南大学医学院恢复建院一年来，在学校领导、各相关学院部门的支持和帮助下，根据国家及云南省医学产业发展的战略部署，围绕学校的发展目标，结合当前全省乃至全国医学学科的发展现状，致力于医学学科的重建、发展，获得“医学遗传学”博士学位授权点1个，“医学遗传学”硕士学位授权点1个；获得“云南大学人类复杂疾病基因研究”云南省省级创新团队建设项目1项；获得2012年度“云南省自然科学一等奖”1项；通过“云南省高端科技人才引进计划”引进高端人才1名。