常染色质与异染色质的区别在于：两者结构上连续，化学性质上没有差异，只是核酸螺旋化程度（密度）不同。核酸是一类生物聚合物，是所有已知生命形式必不可少的组成物质。核酸是脱氧核糖核酸（DNA）和核糖核酸（RNA）的总称。

常染色质是染色质（由DNA、RNA和蛋白质组成）的一种松散聚集的形式，这种聚集方式在基因中大量存在，并且相应的片段通常处于活跃的转录当中（但并非必要，即常染色质部分不一定都是高表达的序列）。常染色质构成了细胞核基因组中表达最活跃的一部分。