重庆大学生物工程学院于1998年正式建院，其前身是1979年设立的国内第一个生物力学研究室和生物医电教研室。学院下设生物医学工程系、生物工程系、重庆市医疗电子工程技术研究中心、基因工程研究中心、应用生物技术研究中心等二级单位。作为国家级人才培养和科学研究的重要基地，学院设备先进、学科齐全、师资力量雄厚。

学院已建成现代化的生物力学实验室、基因工程实验室、细胞培养室、组织工程材料室、生化及分子生物学实验室、血液流变学实验室、医学电子实验室、医学图像室、植物细胞力学及植物组织工程实验室等。现拥有生物医学工程国家重点一级学科、1个博士后流动站，1个一级学科博士学位授权点，5个二级学科博士学位授权点，3个一级学科硕士学位授权点，1个二级学科硕士学位授权点。

学院有正副教授49人，博士生导师23人，硕士生导师50人，兼职院士1人、长江学者1人、海外名师1人。