菌种分离主要在培养皿上进行，常用的方法是稀释法和划线法。

使用这两种方法的目的是是微生物的一个个体通过繁殖，在固体培养基上长出肉眼能见的群体，然后根据培养特征，用接种针调取所需菌种并在显微镜下检查，证明为单一形状的菌体。常用的培养基是选择培养基。如分离分解纤维素的微生物用的培养基是以纤维素为碳源的培养基，因为从这种培养基上长出来的只能是分解纤维素的微生物。改变培养基条件也有助于菌种分离。