劳务派遣公司的做账流程跟普通企业的做账流程是一样的，都是先根据实际业务取得对应的单据，合同和发票等原始单据，然后根据原始单据来登记记账凭证，根据记账凭证来做对应的财务报表，申报税金等。只是劳务派遣公司在增值税申报时可以适用差额征收的管理方式。