首套房没有还清的情况下，首套房申请了公积金贷款，那么第二套房子是不能申请公积金贷款的，而首套房子是商贷，没有结清第二套房子，申请公积金贷款首付必须大于60%，并且贷款的利率也不能低于基准利率的1.1倍，第二套房子申请商贷首付比例不能低于40%，贷款利率按不能低于基准利率1.1倍执行，在首套房贷款没有结清的情况下，申请公积金贷款和商贷的首付比例是不一样的。首套房公积金贷款没有还清，购买二套房源也能贷款，不管首套是公积金贷款还是商业贷款，没有结清的情况下都可以申请商贷买二套房，但是不能申请住房公积金。