根据《清史》所载，顺治帝因染天花而不治身亡。

公元1661年的正月初二，顺治帝福临安排吴良辅出家为僧。这天他亲临悯忠寺观看吴良辅出家仪式。归来的当晚即染上天花，发起高烧来。他预感病体沉重，势将不支，初六日深夜急召礼部侍郎兼翰林院掌院学士王熙及原内阁学士麻勒吉入养心殿，口授遗诏。王熙、麻勒吉二人退至乾清门下西围屏内，以初七一天的时间撰拟。一共三次进给皇上预览，皇帝三次亲自斟酌，刚到晚上才决定。当夜，年仅二十四岁的顺治帝与世长辞了。

顺治帝驾崩后，麻勒吉及侍卫贾卜嘉二人手捧遗诏去奏知皇太后，马上向诸王贝勒贝子公大臣侍卫等人宣布。遗诏立八岁的皇三子爱新觉罗·玄烨为皇太子，继帝位，命索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣。此外，其遗体放在了景山寿皇殿。四月十七日，由再次进京的茆溪行森执行火化仪式。火化后安葬于遵化马兰峪，是为孝陵。庙号世祖，谥号章皇帝，后世累有尊谥，至乾隆元年尊谥为：体天隆运定统建极英睿钦文显武大德弘功至仁纯孝章皇帝。