经营方式不同、两者扣点不同、利润来源不同。

经营方式不同。京东自营店是京东商城自己独自运营的店铺，自己进货，自己经营。京东直营店则是京东商城将一部分店铺以出租的形式给第三方经营，叫非自营店。而京东只是负责提供一个双方买卖的平台，其他的品牌商进来的店铺，叫京东自营店。

两者扣点不同。第三方店铺京东的扣点不多，也就是说商家的利润多些，随之而来的就是流量也不多。销量不容易上去。

利润来源不同。商家把产品提供给京东自营，供货价不高，等于把零售利润出让了一部分给京东。换来的是流量大，可以上他们的各种活动，销量当然也很大。 也就是说商家通过供货给京东自营，损失了一部分利润，换来了产品的高曝光率和销量。