1、来源不同。B5柴油是使用餐饮行业及下水管道废弃的地沟油”，通过一系列生化反应后，与普通柴油按照5比95的比例调和而成。0号柴油属于普通柴油，主要由原油蒸馏、催化裂化、热裂化、加氢裂化、石油焦化等过程生产的柴油馏分调配而成（还需经精制和加入添加剂）；由原油、页岩油等经直馏或裂化等过程制得。

2、对环境的影响不同。B5生物柴油可降低重金属及细颗粒物等污染气体排放量10%以上，氮氧化物净化效率达80%。0号柴油含较多的杂质，它燃烧时也更容易产生烟尘，造成空气污染。柴油燃烧后产生的烟灰可能有致癌的作用。

3、规模大小不同。B5生物柴油目前只在部分城市小范围使用，将会不断扩大生产和使用规模。0号柴油属于普通柴油，柴油汽车主要选用后5个牌号的柴油，温度在4℃以上时选用0号柴油，因此0号柴油目前使用广泛。