1、在生态敏感和脆弱区发展有机农业可以加快这些地区的生态治理和恢复，特别是水土流失的防治和生物多样性的保护。实践表明，在常规农业生产地区开展有机农业转换，可以使农业环境污染得到有效控制，天敌数量和生物多样性也能迅速增加，农业生产环境可以得到有效地恢复和改善，土地、水资源、植被和动物界所受到的破坏与损害的程度将较轻。因此，从保护农村环境的角度来看，有机食品产业又是新兴的环保产业，是农业生产体系中的清洁生产。

2、近年来，越来越多的科学研究表明，食物中的农药残留对人体的影响不仅表现为直接的毒害，间接危害也很严重。有报道说，农药在降解过程中将形成各种各样的中间体，其中某些中间体的分子结构与动物体内的雌性激素十分相似，这可能是导致整个生物界雄性退化的重要原因。在日本，儿童皮肤过敏症非常普遍，也可能与食用基因工程食物或食物中的农药残留有关。近几年，发达国家消费者对基因工程食物的潜在影响普遍比较担忧，而有机食品禁止引入基因工程技术，可以消除人们的疑虑。

3、有机农业生产企业本身也越来越多地将一些营销部门的功能承担过来，即他们自己也从事营销。通过直销、定点供应、连锁店和专卖店的短链销售，减少流通环节，获取更高的利润。

4、有机农业可增加我国农产品的市场竞争力，促进经济的协调发展。我国有机农业生产基地和有机食品发展，是以市场为导向逐步发展起来，走的是产、供、销一体化的道路。邻近南京的江苏省溧水县共和乡原为贫困乡，近几年靠发展有机农业吸引了很多国内外客商到该乡投资，现在有机食品生产、加工和贸易已经初具规模，预计不用多久，该乡就将甩掉贫困乡的帽子。在我国这样的例子还有很多。

5、有机农业可增加就业机会。由于有机农业单位面积产量和单畜生产力较低减轻了对过剩农产品市场的压力，这将减轻政府为消除过剩产品所必须支付的财政补贴负担，有助于保持市场物价的稳定，保护生产者的利益。由于传统农业中的农药、化肥和杀虫剂等农业措施在有机农业中尚未找到良好的替代措施，很多诸如病虫草害防治等农业劳动要通过手工来完成，所以有机农业也是一种劳动密集型产业，可以增加就业机会。