硝化细菌不仅在开缸的时候需要添加，在日常的水质维护中，也应定期添加硝化细菌。每1－2周添加一次即可。由于添加硝化细菌要完全稳定要３－５天，因此不能等水质恶化时才加，建议定期添加。加入硝化细菌会加快水质中硝化系统的培养。

如果水质正常，多添加的硝化菌也不会造成任何问题。此外，在缸内使用杀菌类药物也会造成硝化细菌的损失，因此施药后治疗完成，在一定时间后，也需要及时补充硝化细菌。因此才会建议日常应定期添加硝化细菌。