海马主要以小型甲壳动物为食，如桡足类和蔓足类的藤壶幼体、虾类的幼体及成体(如萤虾、糠虾和钩虾)等等。人工养殖的海马以糠虾和樱花虾为饲料效果最佳，其次为桡足类和端足类甲壳动物。

海马的食量会受到水温、水质的影响，在适温范围内，水温越高，海马的摄食量越大，消化速度也越快。当周围海域的水质不佳时，海马的摄食量会减少，甚至停食。

在正常条件下，海马每日的食量约占体重的10%。海马一次摄食量非常大，同时，它的耐饥性也很强，从初生苗到成鱼的耐饥时间可长达4至132天。