脊索动物门分为3个亚门，分别是尾索动物亚门、头索动物亚门、脊椎动物亚门。脊索动物门是动物界最高等的一门，也是其发展得最成功的一类。其共同特征是在其个体发育全过程或某一时期具有脊索、背神经管和鳃裂。

脊椎动物亚门是动物界中数量最多，结构最复杂，进化地位最高的类群，形态结构彼此悬殊，生活方式千差万别。

尾索动物是最低等的脊索动物，与高等脊索动物存在着演化上的亲缘关系，两者可能都是从类似海鞘幼虫型营自由生活的共同祖先，原始无头类动物演化而来。

头索动物身体结构比较简单，但脊索动物的典型结构已经具有，三大结构终生存在。根据形态学推测，脊索动物由一种左右不对称，无围腮腔、腮裂少、营自由生活的原始无头类演化而来。