卤肉汤想要保存时间长需要经常过滤，每次用过之后的卤汤都要进行过滤，去除肉末杂质和多余的浮油，一般在使用五次后，就要重新加进新的香料包，扔掉老的。卤肉汤保存时要先烧开晾凉之后再放进冰箱保存。

卤肉汤里含有肉类食品的各种营养元素，很容易滋生细菌，所以需要经常煮沸除菌，夏季基本要每日煮沸一次除菌，冬季最少还要每星期煮沸一次。

存储卤肉汤的容器不宜使用不锈钢桶或木制容器，而应当用土陶盛放，由于陶瓷器体身偏厚，可防止外部发热量的影响，也不容易产生异味。

凡动物性原料在卤制前均需先做氽水处理，否则原料直接下锅后，会导致卤肉汤急剧减少，也会造成菜品口味过咸。