果蝇大多数是被水果腐烂或香甜的气味吸引过来的。果蝇常在腐烂的水果中生长和繁殖，成虫常见于腐败植物及果子周围，产卵于其中，幼虫孳生于腐败水果或其它腐败植物质中。因此在腐烂的水果及蔬菜上、垃圾堆、厨房等地方会见到果蝇踪迹。

在自然界里，果蝇常出没在花丛中、腐草下、果园里、菜地间、林荫树上流出的汁液、森林中的腐烂树皮、朽株、落叶，以及肉质的真菌上，如木耳、蘑菇等。

果蝇的代表物种是黑腹果蝇，其成虫为舐吸式口器，主要以舐吸水果汁液为食，对发酵果汁和糖醋液等具有较强的趋向性。