生蚝是可以冷冻保存的，保存温度设置为4—6℃即可。低温可以在一定程度上抑制细菌滋生，保证生蚝的新鲜，不过随着时间越久，新鲜度会降低，会影响生蚝的口感。不过温度也不宜过低，温度太低会导致生蚝肉坏死。

未开壳的生蚝冷冻保存的时间相对来说较长一些，可以保存5天左右。

开过壳的生蚝没有了壳的保护，抵御外部的工作能力会下降，储存时间建议不要超过三天。

如果是剥好肉的生蚝，建议冷藏前用保鲜盒装一些冰渣，把生蚝放盒里再放进冰箱保存。