新鲜的干巴菌在清理干净表面的泥土和杂质之后，保持干燥用保鲜袋包装好，再放入冰箱冷冻保存。新鲜的干巴菌也可以先用盐水浸泡过后沥干水，用保鲜袋装好放入冰箱冷冻保存。也可以用做饭时的稀米汤浸泡干巴菌，使其表面形成一层米汤薄膜后再放入冰箱冷冻保存。

干巴菌可以素炒，将干巴菌撕成条搭配青椒、蒜米和佐料等进行素炒，味道清香。

干巴菌也可以荤炒，干巴菌炒和各种肉混搭进行爆炒，味道鲜香浓郁、滋味醇厚。

干巴菌还可以搭配小米椒腌制成开胃、下饭的小菜，香辣可口，让人胃口大开，常常搭配米饭一起食用。