蛋白棉不可以长期放在过滤。蛋白棉是一种弱碱性阴离子交换树脂，在水中离解出弱碱性的OH-离子根，可以起到吸附作用，蛋白棉长期过滤很容易因为吸附杂物而造成堵塞。

蛋白棉最好不要放在网眼细小的进水口、前置桶等地方，如果因为吸附杂物堵塞水流畅通，处理起来也比较麻烦。

蛋白棉在去除污水的同时，可能会将水中酸分子吸附，会导致水体PH值发生改变。

在使用蛋白棉净水的时候，要注意水的酸碱度动荡造成的水质变化。