九寨沟自然保护区地势南高北低，山谷深切，高差悬殊，北缘九寨沟口海拔仅2000米，中部峰岭海拔均在4000米以上，南缘海拔达4500米以上，主沟长30多公里。九寨沟峰顶和两侧山峰基本终年积雪。

九寨沟位于四川省岷山山脉南段的阿坝藏族羌族自治州九寨沟县漳扎镇境内，地处岷山南段弓杆岭的东北侧，系长江水系嘉陵江上游白水江源头的一条大支沟。

九寨沟得名于景区内的九个藏族寨子，即树正寨、则查洼寨、黑角寨、荷叶寨、盘亚寨、亚拉寨、尖盘寨、热西寨、郭都寨。

由于有九个寨子的藏民世代居住于此，故名九寨沟。