制作方法、饮用方法、保存方法、酒精度数不同。日本清酒是酿造酒，是借鉴中国黄酒的酿造法而发展起来的日本国酒，日本烧酒是蒸馏酒，是在制造酿造酒的技术上引入蒸馏技术的酒。

日本烧酒的饮用方法是兑热水喝或制成加冰块、苏打水等的鸡尾酒，清酒一直是日本人最常喝的饮料。

日本清酒需在3~5摄氏度的地方恒温保存，存放超过一年的日本清酒不能喝，日本烧酒越久味道越醇。

日本清酒的度数不超过22%，日本烧酒的酒精度数为：甲类烧酒不超过36度，乙类烧酒不超过45度。