新疆医科大学的前身为新疆医学院和新疆中医学院。新疆医科大学主要的3个校区：雪莲山校区位于乌鲁木齐市水磨沟区尚德北路567号。新医路校区位于乌鲁木齐市新医路393号。巴州校区位于新疆巴音郭楞蒙古自治州库尔勒市英下乡北京路89号。

1998年6月，新疆医学院与新疆中医学院合并成立新疆医科大学。新疆医科大学位于新疆乌鲁木齐，是新疆唯一一所独立建制的医学院校。

截至2021年5月，新疆医科大学有雪莲山校区、新医路校区、鲤鱼山校区、明园校区、仓房沟校区5个校区，其中雪莲山校区占地2165亩。