学术期刊刊发的文献以学术论文为主，而普通期刊刊发的文献则以文件、报道、讲话、体会、知识等只能作为学术研究的资料而不是论文的文章为主。学术期刊具有学术性、局域性，而普通期刊则具有大众性、普及性。

学术期刊的功能主要在于学术研究、学术交流和探讨，而普通期刊则主要是为传播、普及、学习大众知识和信息服务的。

学术期刊不以赚钱为目的，即其行为是非商业化的，只注重社会效益，普通期刊则大多采取商业化运作模式，既注重社会效益也注重经济效益。

学术期刊要求相关专家、学者对学术论文进行严谨的评审和筛选，更注重的是文献的学术价值，而普通期刊一般只需经过刊物编辑的编审就行，注重的是大众性和市场价值。