境外电子凭证与行程单有本质区别，境外电子凭证就相当于电子版的机票，用电子邮件来发送机票信息，行程单则是发票众多种类中的一种。

境外电子凭证就是航空公司通过用电子邮件的方式向乘客发送机票和航班信息，不提供纸质车票，如果需要纸质机票证明，只能打印电子凭证。

行程单是一种航空运输的电子客票，由国家税务总局来监制，是顾客付款凭证和报销的凭证，同时还可以提醒乘客行程时间等信息。

境外电子凭证是纸质机票的另一种形式，通过邮件向乘客发送机票等信息，行程单一般是纸质的，可以用作顾客付款或者报销的凭证。