蛇有一个繁殖器官。雄性蛇的交配器是一对半阴茎，平时不显露体外，埋藏在泄殖腔后方而位居尾基腹面的2个肌质的阴茎囊中。阴茎囊由薄层的环肌构成，收缩时能压挤半阴茎而使之翻出泄殖腔外，囊的末端藉韧带联接在尾肌上。半阴茎的腹面正中有深凹的精沟，并由其前方分叉至顶端的龟头。

交配时，2个半阴茎同时从泄殖腔内翻出，但是只有一侧的半阴茎插入雌体泄殖腔中；半阴茎的基部与泄殖腔相通，可将顺输精管而下的精液，沿着半阴茎的精沟，注入雌性体内。

蛇一般在春季初夏交配，夏季产卵孵化，否则幼蛇没有足够时间积累足够的脂肪度过冬眠。9月以后出生的幼蛇，死亡率高达50%。在南美洲的雨林深处，有一种名为彩虹蟒的蛇类很有代表性。为了缓和蜕皮，彩虹蟒会分泌一种带有强烈气味的体油，在旧皮与新皮间产生润滑。