1、如果公司长期零申报，会被税务局监控。

2、非正常原因一个评价年度内增值税或营业税连续3个月或累计6个月零申报、负申报的，纳税信用等级就不能评为A级了；

3、长期零申报且持有发票的公司，会被税务机关限制发票使用，如降版降量等；

4、如果是提供虚假申报材料享受税收优惠的，那么纳税信用等级将直接被判为D级；

5、如果当期有收入及应纳税额却零申报的，这就属于偷税，将会被处以5万元以下罚款，且要补缴税款和滞纳金，情节严重的还会被移送稽查。