夫妻双方公积金贷款还款按以下程序扣：

1、如果夫妻双方公积金账户都办理公积金代扣业务，以一方公积金账户为主扣款帐户，当主扣款帐户扣款后还不足以偿还当月应还贷款本息时，就再扣另一方公积金账户余额。

2、如果夫妻俩公积金账户余额累计不足以偿还当月应还贷款本息时，就不再“代扣”，委托人应在每月还款日前向还款储蓄帐户（申请贷款时提供的）存入能够按月足额划转的资金。

3、另外，申请多少额度，如果按单职工的额度申请的话（不超过40万），不会有影响，如果按双职工额度（40~70万）申请则不能通过贷款审核。