1、二者的主要成分以及制作方法不同：水饴的主要成分是树薯粉和水，将树薯粉加热水发酵而成；而玉米糖浆是采用优质玉米淀粉，经过多种酶水解而制得以麦芽糖为主的糖浆。

2、水饴主要成分是树薯粉、水，将树薯粉加热水发酵而成。

3、玉米糖浆是采用优质玉米淀粉，经过多种酶水解而制得得以麦芽糖为主的糖浆，该产品是一种无色透明粘稠的液体，质体清亮、透明、口感温和纯正，低甜度，有麦芽香味，具有熬煮温度高、冰点低、抗结晶等诸多优点，常被用于果酱、果冻之中，防止砂糖的结晶析出，高麦芽又具有良好的可发性，故也大量用于面包、糕点、啤酒上，同时也被广泛应用于糖果、饮料、制食品、冷冻食品、调味品等领域。