1、出自少昊的后代，以邑为姓。殷的后代多用封邑名“尹”作为姓氏，周朝时尹氏子孙的封地一直在尹这个地方。是为河南尹氏和山西尹氏。

2、以官名命名。据《风俗通》所载，尹是商、周时的官名，职位相当于宰相。

3、出自少数民族汉化。如长白山敦化穆都巴彦部落，明朝年间，随清朝建立盛京而迁徙。