1、针对对象不同。食品小经营店备案证是各地针对“三小”即食品小作坊、小经营店和小摊点；食品经营许可证针对所有食品行业领域生产经营活动。

2、适用法律法规不同。食品小经营店备案证只适用各地方制定法规，食品经营许可证适用《餐饮服务许可管理办法》，为国家法律法规。

3、扮演身份不同。小作坊、小经营店和小摊点基本上无固定法定地点，多数为无工商营业执照，食品小经营店备案证扮演“临时身份证”角色；食品经营许可证只是行业经营许可凭证。