《时间的脚印》采用了阐述事物的逻辑顺序来说明，从岩石可以记录时间写到岩石怎样记录时间，最后写了读懂岩石记录的重大意义。具体说明顺序如下：

第一部分（第1至第4自然段）引出话题，说明岩石“是记录时间的方式中最重要的一种”。

第二部分（第5至第29自然段）分层次地详细说明岩石是怎样记录时间的。这部分分二层。

第一层（第5至第21自然段）说明岩石的厚度和顺序可以记录时间。

第二层（第22至第29自然段）岩石保存了许多历史的痕迹。

第三部分（第30、31自然段）总结全文，说明岩石记录时间的时手意义，号召人们进一步去大自然找寻时间的踪影，去一步步走向地下的宝库。