维持蛋白质三级结构稳定的因素是次级键，次级键除了典型的强化学键等，依靠氢键以及弱的共价键和范德华作用力，即分子间作用力，相结合的各种分子内和分子间作用力的总称。

氢键(X—H…Y)和没有氢原子参加的X…Y间弱作用力都属于次级键。次级键可根据原子间的距离、核磁共振谱和光谱等实验数据来确定。化学反应过程中形成的过渡态正是以次级键为特征的中间体或活化络合体。次级键在物质的结构和性质的研究以及生物体系和超分子化学中起重大作用。

反映在分子结构上，当原子间距离小于或接近相应的离子半径、共价半径或金属半径之和时，可以认为原子间形成了化学键；当不同分子中的原子间距离范德华半径之和时，可以认为分子间存在着范德华力；当原子间距离介于化学键与范德华力范围之间时，可以认为原子间生成次级键。