1、传统上先将纳豆加上酱油或日式芥末（一般在百货所卖的盒装纳豆，使用的是日式淡酱油还有黄芥末），搅拌至丝状物出现，置于白饭上食用，是为纳豆饭。也有人将纳豆和生鸡蛋、葱、茗荷、萝卜、柴鱼等各种食材一起混合。

2、在北海道、东北地方有时也将纳豆和砂糖混合。亦有加上蛋黄酱的创意吃法。若未经搅拌便加入酱料会使水分过多，粘性也会有所消减，葱和芥末则能抑制“纳豆氨”刺鼻的气味。不习惯吃纳豆者则以为是腐坏的水煮黄豆。