1、首先，下载自然人税收管理系统扣缴客户端。

2、进入客户端主界面，点击人员信息采集，主录入员工的姓名、身份证号，入职日期等。再点击专项扣除信息采集，这个主要是采集员工的六项扣除信息。

3、做好资料录入后，点击综合所得申报。

4、进入综合所得申报界面，点击正常工资薪金所得后面的填写。

5、进入个税工资填写界面，选择添加或者导入，就是添加或者导入员工的信息资料。

6、资料导入后，页面中间会弹出员工的信息，本期收入都填写零。填写好之后，点击页面右上角的提交数据。

7、返回到综合申报主界面，点击税款计算。页面弹出密码输入框，输入申报密码，点击确定。

8、页面跳转到综合申报主界面，点击申报表报送，再点击发送申报即可完成个税零申报了。