哺乳动物和爬行动物的最近共同祖先还是鱼的时候，就演化出四肢，而不是六肢，此亚门所有演化支都保留这个性状。所有四足亚门都来自同一个祖先，而这个祖先每只附肢都是五指或五趾。鸟类的共同祖先就失去了第五趾，所以鸟的后肢大多都是四趾但不会有五趾，而鲸鱼的附肢虽然特化为鳍，但里面还有五根手指的指骨。