1、强制性：住房公积金缴存是强制性的，而补充住房公积金的缴存是本着自愿的原则。

2、缴纳资格：补充住房公积金的缴存范围在住房公积金的基础上增加了限制，规定只有足额缴纳税款的企业和自收自支的事业单位及所属职工才可以参加补充住房公积金。

3、缴纳比例：住房公积金的缴存比例为单位和个人各7%，而补充住房公积金的缴存比例要求个人不得超过9%，单位不得低于1%。