1、分公司可以开独立发票。但必须取得营业执照以及国、地税务登记证。分公司在进行了税务登记后，可以向税务局申领发票。

2、你公司设立的分公司如果是一般纳税人，你们就可以互相开具增值税专业发票。

3、如果分公司是小规模纳税人，他只能给你开具普通发票，而且总公司不能抵扣；你也只能给他开具普通发票，在他那里不存在着抵扣问题。

4、但是小规模纳税人可以向税务部门提出申请，委托代开增值税税率为3%自09年起不再区分工、商业，一律按照3%征收)的专用发票，但是对方公司只能3%的进项税额，从自己的销项税额中抵扣。