1、分布不同：云杉，主要分布在陕西西南部、甘肃东部以及白龙江流域等地区，稍耐荫。水杉，主要分布在湖北、重庆、湖南交界的利川、石柱以及龙山三县等地区，并且是垂直分布在海拔750—1500米。

2、形态特征不同：云杉，子叶6至7枚，呈条状锥形，长1.4至2cm，初生叶四棱状条形，长0.5至1.2cm，先端尖，四面有气孔线，全缘或隆起的中脉上部有齿毛。水杉，子叶呈条形，长0.8至3.5cm，宽1至2.5cm，上面呈淡绿色，下面呈色较淡，沿中脉有2条稍宽的淡黄色气孔带，每带有4至8条气孔线，叶在侧生小枝上呈羽状。

3、生长环境不同：云杉，耐阴，喜好湿润的气候和肥沃微酸性的沙质土壤，生长较慢，属于浅根性树种。海拔2400—3600米地带，常与紫果云杉、岷江冷杉以及紫果冷杉混生，或成纯林。水杉，生于山谷或山麓附近稍有积水之处，耐寒性和耐水湿能力较强，在轻盐碱地可生长为喜光性树种，根系发达，生长的快慢常受土壤水分的支配，并且树干基部一般膨大和有纵棱。

4、用途不同：云杉，树干高大，节少，纹理直，结构细致，易加工，具有很好的共鸣性能，可供建筑、飞机、乐器、家具、器具、箱盒以及木纤维工业原料等用材。水杉，材质较软，可用于建筑、造纸等方面，不仅树姿优美，而且还可以用作庭园观赏树。