特别行政区的“特别”是指有别于其他行政区域。

特别在：

1、实行不同于祖国内地的政治和经济制度。我国宪法和特别行政区基本法规定实行“一国两制”，即在统中华人民共和国境内，大陆主体部分坚持实行社会主义制度，坚持四项基本原则；在这一前提下，为解决香港、澳门、台湾历史遗留下来的问题，根据宪法的规定建立特别行政区，在一个相当的时期内，保持原有的资本主义社会经济制度和生活方式，不实行社会主义的制度和政策；

2、行使的权力不同于普通地方机关和民族自治地方的自治机关。特别行政区是统一的中华人民共和国的一个地方行政区域，但与其他一般行政区域不同，它实行高度自治，依照法律的规定享有立法权、行政管理权、独立的司法权和终审权。特别行政区通用自己的货币，财政独立、收入全部用于自身需要，不上缴中央人民政府，中央人民政府不在特别行政区征税；

3、事务由当地人进行管理。