1、科属不同：南沙参为桔梗科沙参属植物轮叶沙参或沙参的干燥根。北沙参是伞形科珊瑚菜属植物珊瑚菜的根。

2、作用不同：北沙参含生物碱、挥发油等，具有降低体温、镇痛、强心等作用。北沙参含黄酮、皂甙等，具有祛痰、抗真石、强心等作用。

3、形状不同：南沙参又称大沙参、空沙参，其形粗大。北沙参又称莱阳参、海沙参、银沙参、辽沙参、苏条参、条参、北条参等，其形细长。

4、专长不同：南沙参专长于入肺”，偏于清肺祛痰止咳。北沙参专长于入胃”，偏于养阴生津止渴。

5、适用不同：南沙参补肺脾之气，适用于脾肺气虚，倦怠乏力，食少，自汗，舌淡，脉弱者。：北沙参善养肺胃之阴，适用于热病后期或久病阴虚内热，干咳，痰少，低热，口干，舌红，苔少，脉细弱者。