蓝藻的遗传物质是一条不与组蛋白结合的环状双螺旋脱氧核糖核酸丝，不构成染色体。并且蓝藻属于原核生物，遗传物质存在于拟核。而原核生物，核质与细胞质之间无核膜，形成无成形的细胞核。此外，蓝藻不具叶绿体、线粒体、高尔基体、中心体、内质网和液泡等细胞器，唯一的细胞器是核糖体。因而，蓝藻的遗传物质是脱氧核糖核酸。