华南农业大学兽医学院历史悠久，1952年由原中山大学、岭南大学、广西大学的畜牧兽医系合并成为华南农学院畜牧兽医系，首任系主任为中国著名兽医学家邝荣禄教授。1987年成立华南农业大学兽医系，1993年更名为动物医学系，2001年更名为兽医学院。2002年，在动物医学专业的基础上增加小动物疾病防治方向，2004年又设动物医学专业动物药学方向，2005年，在动物医学专业动物药学方向的基础上设立了动物药学专业。

学院的科研工作走在全国同行前列，在2003年SARS病原溯源工作和近年来禽流感疫情的防控中作出了突出贡献，受到省委省政府的表彰。在科技成果转化方面，兽医学院一直走在全校的前列，创办的实验兽药厂、华天公司等均是我校科技开发的佼佼者。研制开发的禽流感灭活疫苗、球必清等均已成为国内的畅销产品，为国家养殖行业挽回了巨大的经济损失。