怪盗基德的智商高于工藤新一。具体说明如下：

1、怪盗基德，智商在400左右。在“魔术快斗”中，白马探拣到了一根怪盗基德失落在现场的头发，白马拿去做分析，得出一个结论：此头发的主人拥有高达400的智商。智商400，虽然高的离谱，但他却是《柯南》众人物中，唯一一个智商被明确记载过的人。

2、江户川柯南，即工藤新一，智商在160左右。《柯南》里高手如云，全日本智商最高的人悉数云集于此，所以工藤新一排名一般。日本另一部侦探推理动漫《少年金田一事件簿》中金田一的智商是160，这个是有据可察的，而工藤新一和金田一智力水平旗鼓相当，所以智商也在160左右。