墨脱县域内地势北高南低，海拔在200～7787米，平均海拔1200米。

墨脱县隶属为西藏自治区林芝市，林芝市下辖县。位于西藏东南部，地处雅鲁藏布江下游，喜马拉雅东段与岗日嘎布山脉的南坡，东邻察隅县，南与印度交界（部分区域在藏南地区），西接米林县、隆子县、错那县，北连波密县、巴宜区，总面积31394.67平方公里。

墨脱县是雅鲁藏布江进入印度阿萨姆平原前，流经中国境内的最后一个县，境内的居民为门巴族和珞巴族，雅鲁藏布大峡谷主体段在该县境内，是西藏高原海拔最低，最温和，雨量最充沛，生态保存最完好的地方。