动物的分类标准是以动物形态或解剖的相似性和差异性的总和为基础的，根据古生物学、比较胚胎学、比较解剖学上的许多证据，基本上能反映动物界的自然类缘关系，称为自然分类系统。生殖隔离、生活习性、生态要求等生物学特征均为分类依据。

动物学者根据细胞数量及分化、体型、胚层、体腔、体节、附肢以及内部器官的布局和特点等，将整个动物界分为若干门。现在主要是分为：脊索动物门，无脊椎动物门。