超高压杀菌的基本原理是压力对微生物的致死作用, 高压改变了微生物的形态与结构, 影响其生物化学反应, 同时使细胞膜和细胞壁被破坏, 从而影响微生物原有的生理活性机能, 甚至发生不可逆变化。在400～600 MPa 压力下, 高压可杀死细菌、酵母和霉菌, 可避免一般高温杀菌所带来的不良影响。超高压杀菌时，被加热物质不会变性。